вы совершенно верно обозначили проблемные точки: в варианте 1 банк на такой фортель не пойдет, в варианте 2 у вас с подавляющей вероятностью будет затык в виде требований опеки по дольке н/л.
поэтому доверенность на переоформление договоров с управляшкой и прочим - это самая меньшая проблема из представленных вами (честно говоря, вообще не очень понятно в чем тут проблема).

по поводу вычета не ответила. Если были произведены расходы на покупку, платилась ипотека, и при этом человек является плательщиком НДФЛ, то у него есть право на получение вычета как с суммы покупки за минусом маткапа (13% с 2млн каждому супругу), так и с уплаченных процентов по ипотеке (13% с 3млн). Что именно в вашей схеме (вариант 2) по вашему мнению может этому помешать?

Несмотря на советы моих коллег, вариант 2 кажется наиболее логичным и правильным. Конкретно потому, что не будет какой-то зависимости в виде долей одного в квартире другой и ипотеки за квартиру, в которой живет сестра. Да, этот вариант более -трудо и -время затратный, но он закроет многие вопросы, в том числе возможные споры в будущем.

Выкуп последних долей в квартире без проблем кредитуют многие банки. Использование мат.капитала также возможно, в том числе в качестве первоначального взноса. Использование мат.капа контролируется СФР, а не опекой. Поэтому семье 2 в СФР необходимо уточнить требования и шаги для использования маткапа в вашей схеме, а также уточнить детали в банках, которые есть в вашем регионе и работают с ипотекой (а именно совместимость выкупа последних долей квартиры с маткапиталом в качестве первоначального взноса). Родственные связи тоже не помеха в таких сделках.

Опека. При продаже долей семьи 1 семье 2 необходимо будет получить постановление органов опеки именно на продажу касательно доли несовершеннолетнего. Опека в данном случае не имеет отношения к использованию мат.капа семьей 2. В заявлении на продажу доли несовершеннолетнего необходимо будет указать, что объект будет приобретаться в другом регионе. Обычно в таком случае опека дает разрешение и обязует отчитаться в течение месяца-двух после покупки новой квартиры, в которой будет доля несовершеннолетнего.

Но бывает иначе. Например, опека может потребовать указать в заявлении на продажу конкретный альтернативный объект. Т.е. предполагается, что вы нашли объект для покупки в другом регионе, собрали весь пакет документов по нему и подали на согласование в опеку вместе с документами по продаваемой доли несовершеннолетнего. Вот тут проблема.

Ведь тогда необходимо: получать одобрение ипотеки для семьи 2, одобрить покупку долей с маткапом для семьи 2, ехать в другой регион, искать подходящую квартиру, авансировать ее на длительные сроки (месяца 2), возвращаться в свой регион, получать постановление опеки с условием покупки конкретно той авансированной квартиры, проводить сделку по продаже долей, ждать регистрации сделки, перечисления сумм и маткапа (маткап около 15 дней с момента регистрации и подачи заявления в СФР). И только после этого ехать в другой регион и проводить там сделку по покупке авансированной квартиры. Если на всех этапах все инстанции согласуют такой порядок, то все равно остается риск, что продавцы объекта в дугом регионе просто не дождутся семью 1.

Как видите, все сложно. Поэтому идеально будет постановление опеки без привязки к конкретному альтернативному объекту. Это сильно облегчит процесс.

Вывод: если следовать варианту 2, то будут исключены причины для имущественных споров в будущем. Но для реализации этого варианта необходимо провести масштабную подготовку, посетить несколько банков, опеку для консультаций, СФР, собрать всю информацию. Лучше заручиться поддержкой специалиста (риэлтора/юриста-практика)

Ответ получился объемный, как впрочем и сам вопрос)

Для сведения:
доверенность в настоящее время можно выдать на любой срок, хоть на 50 лет.