Добрый день. Регистрация по месту жительства прекращается только двумя способами.
1. По личному заявлению зарегистрированного лица.
2. В судебном порядке.
Вот Вам и возможные риски.
Вы можете сделать подруге регистрацию по месту пребывания. Рисков при такой форме регистрации нет.

Сделайте подруге временную регистрацию на год-два.Этого достаточно

Мало ли она что хочет, Москва не резиновая, своим места нет. Двое детей, да ну на фиг. Возьмут - быстро избавятся от своей квартиры, а детей никуда не денете, она за детей прикроется, вот и останутся. Моя бабушка в своё время пустила подружку, которую избил муж, в квартиру моих родителй, потому что мать с отцом переехали в его родительскую квартиру в Москву. Так та подружка взяла да и настучала, что в квартире никто не живёт, квартиру забрало Государство, а после развода моей матери и уйти было некуда.

Не делайте постоянную, сделайте временную.
В Москве, для садика достаточно регистрации по месту пребывания. Проверено лично: делала регистрацию для этих целей своей знаклмой с ребёнком
по месту пребывания ребёнком

В Москве даже в садик могут потребовать постоянную прописку. И медицина с временной пропиской - жуть.
Но даже сложно придумать, какие гарантии о выписке вам могут предложить... Можете попасть в очень тяжелую ситуацию, суды годами, да и детей могут вселить. Подруга... Да родные любимые сестры что делают совершенно неожиданно...
Договор с обязательством о выписке и штрафными санкциями, о фиктивности прописки (последствия уголовные?)- нет, этого недостаточно. Вот поэтому и покупают доли под прописку, дорого.

Регистрация по месту пребывания поможет решить данную проблему. Сделайте для начала на 6 мес или на год. Можете попросить некоторую сумму в качестве депозита от 50 тысяч рублей. На всякий случай. Если это подруга, то она отнесется с пониманием к такой просьбе.
Если в какой-то момент захотите прекратить рег.учет данного семейства по заявлению собственника, а у детей на тот момент это будет единственным местом регистрации, то придется обращаться в суд.