Здравствуйте. Ну вообще-то это необычная история. А вот что действительно обычно, так это проверка недвижимости перед покупкой. Регистрационный учет - это одно из самых важных, что необходимо проверять, при чем не только актуальный, но и архивный.
Возможность прекращения регистрационного учета в судебном порядке зависит от оснований этого регистрационного учета. Одно дело, если регистрационный учет возник по заявлению собственника и совсем другое, если на основании социального найма. В случае последнего, если это отказник от приватизации, то даже в судебном порядке прекратить регистрационный учет не возможно.
Вариант 1. Ждите.
Вариант 2. Консультируйтесь у специалиста очно, с документами. Без разбора ситуации сказать что-то конкретное невозможно.

Как вы не знали?
Если вам дали выписку из домовой книги с печать, но не указали одного человека?
Это уже мошенничество - это другая история.
Или выписки не было?
На основании каких документов, вы решили, что в квартире никто не прописан?

Здравствуйте! Прежде всего необходимо понимать каким образом возникло право собственности на квартиру по прошлым собственникам: ДКП или приватизация. Отказники от приватизации имеют право пожизненного пользования квартирой. В любом случае, учитывая ситуацию с отсутствием человека в связи с призывом по мобилизации, держать связь с продавцами/риелтором со стороны продавца, для установки факта возвращения мобилизованного. Возможно, что он самостоятельно снимется с рег.учета. В противном случае, снятие с учета происходит через суд. Основание - утрата права пользования помещением в связи со сменой собственника.

Как же вы так купили? Тоже не верю, что сопровождающий покупку пустил в сделку без выписки из домовой. И до этого уже какие-то сделки были. С трудом верится….

Так как/при каких обстоятельствах потом обнаружили прописанного человека?

я не могу понять, как так вы не знали о прописанном человеке? вы выписку из домовой книги видели перед сделкой?
и что, продавец не знал, что у него в квартире прописан его брат? или знал и не сказал вам?
такое ощущение, что это выдумка какая-то...
интересно, в каком регионе такие чудеса происходят?

Невозможно поверить в наличие на сделке какого-либо риэлтора, потому как сведения о зарегистрированных(прописанных) - основа основ, даже самостоятельный покупатель интересуется таким вопросом. Как говорим один товарищ, хоть и по другому поводу :" НЕ ВЕРЮ!"

Анатолий, снятие с регистрационного учета по доверенности, как правило, не производится. Вам остается подождать.

Командир ВЧ может выполнять функции нотариуса. Если удостоверит доверенность на прописку-выписку и заявления на прописку-выписку, выпишите по доверенности.

Если нет - суд

"так как мобилизация является какой-то уважительной причиной для не выписки." - пробуйте, но скорее всего будет именно так, как сказал продавец. ждите, пока он приедет и выпишется (если выпишется!), ну или, уж извините за цинизм, пока его убьют и вопрос решится сам собой.
а вообще, конечно, "Сделка проводилась через банк (ипотека) и риэлтора, уверяли, что проблем и обременений нет." - зато вы сэкономили на риэлторе, ведь купить квартиру - это как за хлебом сходить ))
ежу понятно, что риэлтор продавца будет уверять что проблем нет. еще бы он вам рассказал про проблемы, ему ведь продавец платит за то, чтобы он продал, а не за то, чтобы рассказывал о проблемах. а банку плевать на прописанных, он этот фактор берет в учет при оценке. посмотрите на выставленные банками на продажу банкротные ипотечные квартиры - они в 90% случаев с прописанными.